流産した胎児の染色を調べると、7割ぐらいに異常が見つかります。 ほとんどは、偶発的に起きるタイプのもので、特に繰り返しやすいということではありません。自然流産の場合は、たまたま起きた染色体異常のことが多いのです。
しかし、流産を繰り返すような場合は、カップルのいずれかに染色体異常があることもあります。

子宮に奇形がある場合、形態や奇形の程度によっては習慣流産の原因となる場合があります。
手術の対象として検討される子宮の奇形は「双角子宮」や「中隔子宮」です。

子宮内側の隔壁に当たる部分で着床したり、あるいはその部分の血管が少ないために胎児に送られる血液が少なくなり流産するのではないかと考えられています。
高音波診断やMBIで診断することができます。

妊娠中の子宮は、胎児と羊水で満たされた風船のようになります。
妊娠を維持するためには、風船の口にあたる子宮頸管がしっかりと閉じていないといけません。

子宮頸管無力症は、妊娠中も子宮頸管が開いてしまう病気です。
場合によっては流産にいたることもあるため、この病気と診断された場合は、子宮頸管を縛る手術を行います。

妊娠中に必要な黄体ホルモンの分泌が少なく、働きが弱い黄体機能不全も流産の原因となることがあります。hCGの投与を行います。

また、高いプロラクチン血症から黄体機能不全が起こっている場合は、パーロデル（ブロモクリプチン製剤）などの投与を行います。

自己免疫疾患は、自分の身体に対して抗体が作られてしまう疾患です。
抗体とは、人間の免疫機能のひとつで、本来は外から入ってきた細菌やウイルスに対してつくられるものです。抗体が外的と戦うことによって病気から守られているのです。
しかし、自分の身体の一部に対して抗体がつくられることにがあり、これを自己免疫疾患といいます。
このときリン脂質抗体という抗体がつくられ、これが流産の原因になることがあります。

治療には、抗体の産生を抑えるステロイド剤や、血小板の凝集、凝固を抑える働きのあるアスピリン、へバリンなどを用います。妊娠中はずっと使うことになりますが、赤ちゃんへの影響はありません。